Come vuole la tradizione, in parte confermata dall’indagine archeologica, gli abitanti dei diversi castra costruiti tra i secoli IX e X, sotto l’incalzare di terribili eventi, abbandonarono le loro disagevoli e insicure sedi e conversero sul Poggio dei Mirti dando corso alla fondazione della città. Gli abitanti di Monte Luco, a nord est di Monte San Cosimo, essendo divenuto angusto il territorio da loro abitato, si spinsero verso la collina di San Valentino e poi, verso quella ancora più bassa detta dei Mirti dalla abbondanza delle odorose piante da mirto, dalla quale pianta poi sarebbe derivato Poggio Dei Mirti e Poggio Mirteto. Lo stesso avvenne per il “castrum Limisanum”, coincidente con l’attuale località di Rimisciano, con il “castellum in Vulpianum o Vulpinianum”, corrispondente all’attuale località di Volpignano. Montorso, sembra sia stato l’ultimo e più recente (1400 circa) caso di immigrazione in massa nella città o meglio fuori dalla cerchia delle mura originali, tanto che l’accettazione degli esuli è probabile che venne condizionata alla costruzione a loro carico di una nuova cinta.Sempre ai fini della data da attribuirsi alla fondazione della città va inoltre notato che la collegiata di S. Paolo coeva all’abitato fu per secoli l’unica parrocchiale di Poggio Mirteto, risulta quindi di estrema importanza la data incisa su una delle due campane fuse per il campanile di S. Paolo (attualmente) collocate sulla Torre dell’Orologio entro la cerchia urbana) che riporta l’anno 1290 e quindi, considerando l’usanza secondo la quale le campane venivano generalmente fuse in loco a campanile ultimato e che il campanile di norma veniva innalzato dopo la conclusione della fabbrica della chiesa per la quale saranno occorsi alcuni decenni, tutto ciò sembra costituire ulteriore riprova che l’origine della città sia da porsi  intorno al 1250-1260.Successivamente, Poggio Mirteto fu in possesso della potente famiglia Farnese, per essere poi infeudato dalla Camera apostolica agli Orsini, ai Mattei, ai Bonaccorsi e tornare, infine, sotto la giurisdizione dello stato pontificio che ne fece un capoluogo distrettuale e sede di un giudice avente gli stessi poteri del pretore nell’ordinamento giudiziario italiano. Nel 1837 ebbe da Gregorio XVI  il titolo di città e nel 1841 fu proclamata sede vescovile immediatamente dipendente alla santa Sede, titolo, quest’ultimo mantenuto anche in seguito alla soppressione della diocesi attuata nel 1925 da Pio XI, il quale stabilì che il vescovo di Sabina fosse detto anche vescovo di Poggio Mirteto.